约翰是世界上数一数二的顶级黑客，可在两年前，他入侵FBI的监视系统时被抓。从那以后，他就陷入了低谷，家产被没收，妻子与他离婚，因为没钱，连女儿的抚养权都无法拿到。如今只得待在一个废弃的房车里度日。
 
这天，一名叫哈莉的女人找到了他，声称自己的老板需要一名顶级黑客，希望能得到约翰的帮助。约翰出狱后，被FBI禁止使用电脑，于是拒绝了哈莉的提议。但哈莉丢给约翰一个钱包，里面装着十万美金，还声称，如果能帮他们拿到想要的东西他们会帮约翰拿回女儿的抚养权。约翰心动了，跟着哈莉来到了一位叫希尔的老大面前，希尔是一名顶级特工，也是一个极端爱国主义者。初次见面，为了测试约翰的黑客能力，他的手下用枪指着他的脑袋，要他在六十秒之内侵入国防部的资料库，否则就打死他，约翰不负众望，在最后一秒钟成功侵入国防部资料库，通过了测试。
 
希尔说出了此次任务，在八十年代，缉毒局开展了一项名为“剑鱼行动”的计划。他们为了把缴获的赃款和毒品洗白，成立了多个傀儡公司，到行动结束时，傀儡公司的银行账户里累积有了4亿美金，可这笔钱一直没被人动过。到今天，这笔钱利滚利已经达到了惊人的95亿美金，并且存在了一个叫世界银行的户头里。此次找约翰前来，就是让他制造一个超级电脑虫，用破解银行的防御系统，然后转走这笔钱。成功后，约翰不仅可以拿到一千万美金，还可以得到女儿的抚养权。约翰同意了，但他不明白，希尔既然是一名爱国主义者，为什么会干这种事。原来，希尔妄想建立一个属于自己的极端爱国主义组织，有了这笔钱就可以招兵买马，然后暗地里除掉威胁美国安全的人，只是他的方式有些极端。
 
可让约翰没想到的是，他两年前的事迹让他上了FBI的黑名单，在入境时，被黑人汤马斯盯上。第二天，在约翰去看望自己的女儿时，汤马斯找到了他，但没有证据证明约翰在做坏事，给了他一张名片后，就放他走了。回到别墅后，眼前的一幕让约翰大吃一惊，原来哈莉是潜入希尔身边的一位缉毒局卧底，为了不多生事端，约翰并没有拆穿他的身份。
 
这天，背后支持希尔的参议员打来了电话。参议员得到了一份情报，因为约翰的暴露，FBI开始介入调查这件事，于是想取消这项任务。但希尔不想前功尽弃，声称任务会继续下去，参议员挂断电话后十分生气。为了不连累自己，他让手下派一支暗杀小队去干掉希尔。
 
一场追逐战就在大街上展开，希尔和约翰开着跑车四处逃窜，好在主角光环过于强大，两个人就灭掉了整支装备精良的暗杀小队。来而不往非礼也，希尔大难不死，就亲自驾驶着直升机找到了野外钓鱼的参议员，并当众干掉了他。
 
好事接二连三，约翰经过几天几夜的努力终于制造出了最强大的病毒，只要将他放入银行的服务器内，六十秒就可以破解任何防御系统。约翰完成了二五，拿到了属于自己的一千万美金，当他兴高采烈的去找女儿时，却发现她不见了。而屋子里杂乱不堪，前妻和她的丈夫也死在了地上，约翰立马想到了是希尔所为。他返回了银行，此时希尔的计划进行得十分顺利，他让人质穿上炸弹背心，并把病毒插入了银行的服务器里面。
 
希尔之所以绑架约翰的女儿，是因为还需要他。他要利用约翰的黑客技术，将这笔钱转到不同银行账户里，并且还不被警方追查到。约翰为了女儿的性命，只好照做。几分钟内，约翰就完成了任务，而希尔也遵守了诺言，将女儿还给了他。约翰即将走出大门的那一刻，希尔的手下发现了异常，账户里的钱突然不见了。约翰再次被抓了起来，幸运的是女儿逃了出去。原来，他留了一个心眼，这笔钱虽然是到了希尔的账户里，但是几分钟后这笔钱就会流转到其他银行里，并且在接下来的十年里无法被追踪。
 
希尔其实早就看出了哈莉是一名卧底，他威胁约翰，如果在六十秒内不把钱弄回来就吊死哈莉。约翰使出毕生所学，终于在最后一秒把钱转了回来，但希尔还是把哈莉杀死了。任务完成后，希尔威胁警方找来了大巴车和飞机，一伙人押着人质就上了大巴车。约翰看到这伙人装备精良，甚至还有火箭筒，但让他万万没想到的是，这伙人根本不按照常理出牌。
 
希尔让人找来了直升机把大巴车钓到了空中，下方的警察只能干瞪眼。只剩飞机将大巴车钓到了一座大厦楼顶，一辆直升飞机正提前等候在那里。看来希尔早已预谋好了撤退路线，约翰只能眼睁睁看着这伙人驾驶着飞机离开。这时，他偶然想到希尔一伙人似乎没有把火箭筒拿走，他跑回大巴车找到了火箭筒，然后瞄准了直升机。希尔一伙人就这么死在了爆炸中。
 
然而事态再次出乎警方的意料。他们并没有在银行找到哈莉的尸体，而缉毒局也没有哈莉这个人。约翰终于明白，在最后一刻希尔用了一个障眼法，从视线盲区逃走了，而哈莉跟他们也是一伙的。
 
不久后的一天，一名女人走进了某处银行成功将95亿美元转走，接着她来到了一艘船上，见到了本应死去的希尔。
 
《剑鱼行动》上映于2001年，由金刚狼的扮演者杰克曼主演。